没签劳动合同离职，是否合法

公司扣两千元不合法，除非劳动者违法辞职且给公司造成损失。依据《劳动合同法》，未签劳动合同辞职，公司应支付二倍工资，无权随意扣除。若扣除导致工资低于最低工资标准，将按最低工资支付，严重影响劳动者权益。
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处理方式有协商、投诉、仲裁三种。首先尝试与公司协商；协商不成可向劳动监察部门投诉；仍无法解决则可申请劳动仲裁，根据仲裁结果决定是否起诉。选择时应考虑效率与成本，优先协商，必要时采取法律手段。
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公司扣钱不合法。处理如下：1.与公司协商，要求解释扣款原因并返还；2.若协商无果，向当地劳动监察大队投诉，提交相关证据；3.如投诉未解决，申请劳动仲裁，提交仲裁申请书及证据材料；4.根据仲裁结果，决定是否向法院提起诉讼，维护自身权益。